Центърът за подводна археология е единственият държавен институт в България, който по закон (ПМС № 128) има право да извършва дейности свързани с:
1. Проучване, документиране и опазване на подводното археологическо наследство (българско черноморско крайбрежие, реки и езера). В това число влизат контрол над подводни, хидротехнически и драгажни дейности, подводни археологически изследвания, геофизични и геоморфоложки изследвания, насочени към промяната на бреговата ивица от древността до наши дни, химични, ботанични, зооложки и други изследвания, целящи установяването на палеоклиматичните условия по българското черноморско крайбрежие и промените в климата;
2. Научна, научно-информационна, експертна и консултантска дейност, предимно свързани с изготвянето на наредби и закони при осъществяване на подводна дейност и опазване на културно-историческото наследство;